Thời Nguyễn Kính lớn lên, nhà Hậu Lê suy yếu trầm trọng do hai vua Uy Mục và Tương Dực. Vua Lê Tương Dực ăn chơi trụy lạc, dân gian bị bóc lột cùng khốn, đồng loạt nổi dậy làm phản, trong đó lớn nhất khởi nghĩa Trần Cảo.

Trong triều nảy sinh bè phái, đại thần Trịnh Duy Sản can ngăn vua Tương Dực bị đánh đòn nên sinh oán hận, giết chết vua Tương Dực, lập chắt của vua Lê Thánh Tông là Y mới 11 tuổi lên ngôi, tức là Lê Chiêu Tông (1516).

Quân khởi nghĩa Trần Cảo tiến đánh kinh thành Thăng Long. Cùng lúc đó Nguyễn Hoằng Dụ đóng quân ở Bồ Đề, được tin Duy Sản giết vua, liền đem quân qua sông, đốt hết phố xá trong kinh thành. Trịnh Duy Sản thấy kinh thành bị phá liền mang vua Lê Chiêu Tông bỏ chạy về Tây Đô (Thanh Hóa).

Nhân đấy Trần Cảo sang qua sông, vào chiếm cứ kinh thành. Lúc đó con nuôi Trịnh Duy Sản là Thiết Sơn bá Trần Chân thống suất các dũng sĩ cũ cùng con em trong nhà, binh tráng trong làng đóng ở chợ Hoàng Hoa, để mưu tính công việc đánh Trần Cảo. Nguyễn Kính bèn tụ tập con em đi theo Trần Chân, được Trần Chân tin dùng.

Ông cùng Trần Chân từ làng Dư Dụ huyện Thanh Đàm đem quân đón đánh tướng của Trần Cảo là Phan Ất từ làng Bảo Đà huyện Thanh Oai tiến đến. Quân hai bên kịch chiến ở xạ đôi (mô đất để tập bắn[1]). Trần Chân bị thương, lại thấy rằng toán quân của mình chơ vơ khó có thể đánh lâu được, bèn nhân đêm rút quân đến chợ Hoàng Hoa[2].

Trịnh Duy Sản, Nguyễn Hoằng Dụ, Trịnh Tuy và các quan cựu thần phân binh ra vây Đông Kinh. Trần Cao phải bỏ kinh thành chạy lên đất Lạng Nguyên. Vua Chiêu Tông trở lại kinh thành.

Sau đó Trịnh Duy Sản đi đánh Cảo bị tử trận ở Chí Linh. Cảo lại mang quân về định đánh kinh thành. Nguyễn Kính theo Trần Chân phá được Cảo ở Gia Lâm. Cảo thua chạy rút qua sông Cầu, truyền ngôi cho con là Cung và bỏ đi làm sư mất tích.